康熙三十四年（1695年），康熙皇帝亲自率领10万精兵，出征昭莫多（今乌兰巴托南郊的宗莫德市），与准噶尔汗国的大汗噶尔丹及其3万精锐骑士展开了激烈的决战。经过一番鏖战，清军以压倒性优势取得了胜利，准噶尔军遭遇了惨重的损失。此次胜利不仅摧毁了噶尔丹的军队，更给准噶尔汗国带来了深远的影响，几乎断送了这个国家的未来，历史上称之为昭莫多之战。噶尔丹的势力大幅削弱，他的侄子策妄阿拉布坦趁机发动政变，迅速占领了伊犁，并自立为新大汗。最终，噶尔丹在权力斗争中败北，死于绝望，成为历史的过客。
策妄阿拉布坦意识到大清的强大后，决定放弃噶尔丹时期对抗大清的政策，转而向清朝称臣。为了表示诚意，他不仅主动向清廷低头，还交出了噶尔丹的遗体，表示愿意效忠大清。于是，准噶尔汗国与大清的关系暂时进入了一段短暂的和平期。虽然双方表面上维持了和平，但实际上，两国都心知肚明，这只是暂时的停战，未来的冲突几乎不可避免。双方都在为可能的战争做着充分的准备。康熙五十五年（1716年），和硕特汗国因内乱陷入困境，策妄阿拉布坦趁机派遣准噶尔的名将、大策凌敦多布进攻西藏。大策凌敦多布带领6000名精锐骑士，历经艰险，从伊犁出发，横扫重重障碍，迅速抵达拉萨，令整个西藏震惊。他率领的部队攻陷拉萨，生擒和硕特汗王拉藏汗，并将其处决，成功占领了整个西藏。西藏的沦陷对青海、云南、四川等地构成了极大的威胁，也使大清的西部边境面临空前的安全压力。当康熙皇帝得知这一消息时，深感震惊，因为准噶尔汗国若掌控西藏的资源，将对大清西部构成巨大的威胁。这是康熙无法容忍的局面。为了维护大清的西部安全，康熙决定亲自干预西藏事务。尽管准噶尔汗国与大清名义上是君臣关系，康熙还是决定谴责策妄阿拉布坦未经授权攻占和硕特汗国的行为。为了避免与大清彻底决裂，策妄阿拉布坦紧急向清廷道歉，并承诺在清军入藏后，准噶尔军将撤离西藏，并继续维持秩序直到清军到来。康熙五十七年（1718年）六月，康熙命令湖广总督额伦特和侍卫色楞分别带领2000名精锐八旗兵从青海入藏，同时四川提督康泰带领2000名绿营兵从打箭炉出发，计划在拉萨会合。虽然清军总兵力达到6000人，但分为三路出征，无法集中合力，犯下兵家大忌。大策凌敦多布则集结了6000人及大量藏军支持，在兵力上占据了绝对优势。尽管如此，他并未急于与清军正面交锋，而是巧妙地使用了诱敌深入的策略，令前锋与清军接触后佯装失败，诱使清军进入包围圈。待清军的4000名八旗兵抵达那曲喀喇乌苏河时，已经是强弩之末，大策凌敦多布在附近布下重兵，等待清军的到来。4000名八旗兵在包围中进行了长达一个月的激战，虽然未曾慌乱，依旧结阵抗敌，但最终因粮草耗尽，所有清军官兵全军覆没，未有一人投降。此役的惨败令京城震动，朝廷上下对大策凌敦多布产生了深深的畏惧。甚至有大臣建议放弃西藏，与准噶尔汗国划清界限。然而，康熙皇帝却毅然决然地力排众议，亲自决定派遣自己的第十四子、清宫的明星胤禵统领大军出征，最终稳住了大清在青藏高原的局势，为之后岳钟琪千里奔袭拉萨和年羹尧收复青海奠定了基础。